蔡元培在翰林院供职时，阅读了《郎潜纪闻二笔》《乘光舍笔记》等书后，被《红楼梦》深深招引了。在随后10多年的时间里，他连续考证相关故事10余则，随后置之不理。1914年，他从头修正《石头记索引》交商务印书馆，1917年9月出书单行本。蔡元培开篇就写道：“《石头记》者，清康熙朝政治小说也。作者持民族主义甚挚。书中本事，在吊明之亡，揭清之失。而尤于民族名士仕清者，寓怜惜之意。其时既虑触文网，又欲独具匠心，特于本事以上，加以数层障幕，使读者有横看成岭侧成峰之情况。”
《红楼梦》作为我国四大名著之一，自面世以来，遭到很多文人的喜欢。光绪年间，“红学”盛行，简直能与“经学”混为一谈。见仁见智，很是热烈。民国后，文人们亦热心未减。蔡元培是学界名人，也亲自参加研“红”队伍，引来不少热捧，这个单行本一向发到10版，影响力之大，可见一斑。
胡适在红学方面的研讨也颇有效果，他出书《红楼梦考证》，新红学派由此诞生。该书体系考证了曹雪芹作者自身，得出《红楼梦》是曹雪芹“将真事隐去”的自传定论，并对过往红学研讨予以尖锐批评，说走错了方向，只去搜集不相干的材料，而不去重视作者、家世、年代、版别等问题。胡适称旧红学只作了《红楼梦》的附会，而不是真实的考证。
蔡元培难以承受胡适的观念，他在《石头记索引》第6版中标明“对胡适之先生《红楼梦考证》之商讨”，阐明自己证疏的原因和办法，自傲地表明，“自以为审慎之至，与随意附会者不同”，表明胡适的观念不能降服他。
对此，胡适并不附和。随后宣布《跋红楼梦考证》一文，其间含“答蔡孑民先生的商讨”，指出蔡元培所用办法过于保守。两位大学者的争辩轰动一时，被称作“一场震慑全国的论争”。蔡、胡之争并无成果，两人仍各执己见。直到20世纪30年代，相关作品还时有呈现。
